流式细胞仪的光学系统由若干组光学透镜、小孔、滤光片组成，大致可分为流动室前和流动室后两组。流动室前的光学系统由透镜和小孔组成，透镜和小孔（一般为2片透镜、1个小孔）的主要作用是将激光光源发出的横截面为圆形的激光光束聚焦成横截面较小的椭圆形激光光束，使激光能量成正态分布，使通过激光检测区的细胞受照强度一致，大限度的减少杂散光的干扰；流动室后的光学系统主要由多组滤光片组成，滤光片的主要作用是将不同波长的荧光信号送到不同的光电倍增管。
高透过深截止系列滤光片五组系列代表：
1、Ex470/30-Em515/30 滤光片系列，
适用试剂FAM
2、Ex530/20-Em560/20 滤光片系列，
适用试剂HEX
3、Ex580/30-Em620/30 滤光片系列，
适用试剂ROX
4、Ex630/20-Em660/20 滤光片系列，
适用试剂CY5
5、Ex690/20-Em730/20 滤光片系列，
适用试剂CY5.5
流式细胞仪通道滤光片适用：
通道 | 荧光物质 | 激发波长（nm) | 发射波长（nm) |
绿色 | FAM | 494 | 518 |
FITC(Fluorescein) | 489 | 517 | |
Alexa Fluor 488 | 496 | 519 | |
黄色 | JOE | 520 | 548 |
VIC | 538 | 554 | |
HEX | 535 | 556 | |
TET | 521 | 536 | |
CAL Flour Orange 560 | 538 | 559 | |
橙/红 | ROX | 575 | 602 |
Cy 3.5 | 578 | 591 | |
Alexa Flour 568 | 578 | 603 | |
深红 | Cy5 | 649 | 666 |
Quasar 670 | 647 | 670 | |
Alexa Flour 633 | 632 | 764 |
流式细胞仪滤光片在仪器中的功能和应用：
细胞周期的分析
干细胞研究
症病人的多药耐药性
细胞动力学功能研究
环境微生物分析
流式细胞术与分子生物学研究
流式细胞术在兔疫检验中的应用
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